O primeiro registro de uma "classe de primeiras letras" em Indaiatuba, ocorre em 1854, vinte e quatro anos após a elevação a freguesia.
No Arquivo Público da Fundação Pró-Memória há documentos esparsos sobre a educação no município desde 1854, mas só a Lei nº 10 de 1895 veio dispor sobre a primeira Escola Pública do Município. Em 1900 com a Lei nº 27 foram criadas as Escolas Provisórias do Bairro de Itaici e "desta vila".
"Na época a pobreza era tanta que não havia como investir em educação, mas as Escolas Provisórias da Vila, passaram a ser mantidas e custeadas pela municipalidade".
Com a Lei nº 06 de 1918, foram criadas as escolas municipais das Fazendas: Cruz Alta, Sapezal e Mato Dentro.
"Em 1936 o Regimento Interno da Câmara Municipal cria em 27/08/36, uma Comissão de Educação e Assistência Social, à qual competia estudar os problemas relativos à educação, higiene, saúde e assistência social, propondo as reformas convenientes".
A Lei nº 14 de 1937 adaptou as leis estaduais da Educação instituindo um Sistema Municipal e criou as escolas mistas rurais da Fazenda Engenho D'água e do Bairro Solidão.
Em 1957 foi criada a primeira classe de pré-primário na rede municipal, no bairro Itaici.
Inicialmente as primeiras classes funcionavam em locais cedidos, com espaços físicos pouco adequados e com falta de materiais didáticos.
A institucionalização do Ensino Municipal começou a tomar rumos mais organizativos com a criação da Divisão de Educação, dentro do Departamento de Educação e Saúde, em 1969.
Em 1972, foi criada a Coordenadoria do Ensino Municipal, primeiro órgão independente de Educação. No ano de 1978, com a reorganização da Prefeitura, criou-se o Departamento de Educação e Cultura, Esportes e Turismo, constituído pelas Divisões de Educação e Cultura e de Esportes e Turismo.
No ano de 1985, criou-se a Secretaria Municipal de Educação e Cultura, constituída pelos Departamentos de Educação e Cultura; em 1990, criou-se a Secretaria Municipal de Educação, com os Departamentos de Educação e de Alimentação Escolar.
Com relação ao trabalho realizado com a Educação de Jovens e Adultos na Rede Municipal de Ensino, o marco inicial foi em 1970, quando a municipalidade firmou convênio com o governo federal no programa de erradicação do analfabetismo, denominado na época MOBRAL (Movimento Brasileiro de Alfabetização). Em 1985, em período pós-ditadura, o MOBRAL foi extinto, e em seu lugar, foi lançado um outro programa, ao qual a municipalidade também conveniou-se, denominado " Programa Educação para Todos: Caminho da Educação", vinculado ao Ministério da Educação (MEC), que contou com a criação da Fundação Educar. Em 1990, a Fundação Educar foi extinta e com ela freou-se a indução das políticas de EJA, em todo país, mas nessa data a municipalidade assumiu integral e independentemente essa modalidade de ensino através do Projeto EJA (Educação de Jovens e Adultos).
Ao longo dos anos, a Secretaria Municipal de Educação, foi assumindo outras modalidades de Ensino além da Pré-Escola e do Ensino Supletivo para Jovens e Adultos, sendo que em 1997, foi incorporado à Rede Municipal de Ensino o PAEE (Programa de Apoio à Educação Especial) e em 1998 as Creches Municipais e/ou Conveniadas, passaram a integrar o Sistema Municipal de Ensino, que até então eram subordinadas à Secretaria Municipal da Família e do Bem Estar Social.
Ainda em 1998 o Ensino Fundamental Regular de 1ª à 4ª séries, teve início com o funcionamento de 4 escolas, atendendo 2.329 alunos. Nesse mesmo ano foi pactuado um convênio com o Estado de São Paulo, pelo qual estabeleceu-se parceria na manutenção do Ensino Fundamental.
Como se vê, a Rede Municipal de Ensino continuou crescendo e hoje conta com 55 Unidades Escolares, 1 PAEE (Programa de Apoio à Educação Especial), 1 Escola Ambiental "Bosque do Saber" e 14 Creches conveniadas.
A municipalidade conta também com o CEPIN (Centro de Educação Profissional de Indaiatuba) da Fundação Indaiatubana de Educação e Cultura (FIEC), criada em 1985.
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